El Congreso tiene su origen en el marco general de la actividad de Cooperación para el Desarrollo que ha tenido lugar, desde 1994, entre la Universidad Nacional Autónoma de Nicaragua con sede en la ciudad de León (Nicaragua) y la Universidad de Alcalá (España).
Sus objetivos y aspectos básicos fueron definidos en las Jornadas de Computación para el Desarrollo que tuvieron lugar en la ciudad de León en julio de 2007, con la participación de representantes de diferentes universidades de Nicaragua, El Salvador, Guatemala, Costa Rica y España.